Faune cavernicole
Le milieu souterrain abrite une faune très spécifique, présentant des adaptations morphologiques, physiologiques ou comportementales. La faune souterraine de la réserve représente 54 espèces dont 13 sont caractéristiques.
Faune de surface
105 espèces ont été inventoriées dont 24 espèces de chiroptères et 43 espèces d'oiseaux. Les plus emblématiques sont : le Desman des Pyrénées, l'Ours brun, le grand et le petit Rhinolophe, le lézard vert, l'Apollon, l'Aigle royal, le Vautour pecnoptère.
Flore
Près de 291 espèces sont présentent sur la réserve et en périphérie. 27 espèces d'orchidées ont été identifiées. L'Alysson à gros fruit, le Peucédan de Schott, l'Orchis punaise témoignent de la richesse des milieux et des habitats.