La Réserve protège une partie d'un vaste système karstique creusé dans des calcaires d'âge primaire.
Elle est composée d'une vingtaine de cavités dont la principale, la grotte du TM 71, développe plus de onze kilomètres.
Le milieu souterrain ne se renouvelle pas à l'échelle humaine, c'est un milieu pratiquement stable, limité et peu exploré.
Il est intimement lié à ce qui se passe en surface, et de ce fait sensible et fragile. La faune qui y vit est largement méconnue.